Perhimpunan Agung merupakan peringkat tertinggi dalam menentukan dasar dan pendirian Majlis, Perhimpunan yang bersidang setahun sekali ini juga bertanggungjawab memilih ahli-ahli Jawatankuasa Kerja, menerima dan meluluskan laporan tahunan, penyata dan neraca kewangan. Setiap badan gabungan menghantar perwakilan ke Perhimpunan ini.

Di bawah Perhimpunan Agung ini terdapat Dewan Tertinggi yang dianggotai oleh Jawatankuasa Kerja MBM dan seorang wakil dari tiap-tiap badan gabungan MBM. Dewan Tertinggi adalah quasi-legistive dan bertanggungjawab menentukan dasar, pendirian serta program MBM yang tidak dapat diputuskan oleh Perhimpunan Agung. Di samping itu Dewan Tertinggi juga berkuasa memandu perjalanan Jawatankuasa Tetap dan Khas yang dilantiknya.

Kemudian terdapat pula Jawatankuasa Keja (EXCO) yang berfungsi sebagai badan petugas Majlis. Jawatankuasa Kerja yang dipilih oleh Perhimpunan Agung ini terdiri daripada seorang Presiden, seorang Timbalan Presiden, tiga orang Naib Presiden, seorang Setiausaha Agung, seorang Bendahari Kehormat, dua belas orang Ahli Jawatankuasa Kerja dan seorang wakil dari Kementerian Belia dan Sukan sebagai ex-officio. Jawatankuasa Kerja melaksanakan semua program selaras dengan dasar-dasar yang ditentukan oleh Perhimpunan Agung dan Dewan Tertinggi.

Berikut terdapat Jawatankuasa  Tetap yang bertugas dalam perkara-perkara tertentu seperti Pentadbiran, Hal Ehwal Antarabangsa, Kewangan, Penerangan, Pendidikan, Pembangunan, Perindustrian, Pertanian, Hari dan Minggu Belia Negara dan Hal Ehwal Wanita. Bagi melaksanakan tugas-tugas selain daripada  yang dinyatakan di atas, MBM telah membentuk beberapa Jawatankuasa Khas seperti Bangunan, Integrasi Nasional, Sukarelawan, Remaja, Anti Dadah dan lain-lain.

Seterusnya terdapat sekretariat yang menjalankan kerja-kerja pentadbiran, perhubungan dan perkhidmatan. Sekretariat MBM diketuai oleh Setiausaha Agung dengan dibantu seramai 8 orang kakitangan sepenuh masa.